El primer document conegut on apareix el topònim "COLERA" és l'acta de consagració de l'Església de St.Quirze l'any 935, "Vallen quam vocant Colera". En els lliurament d'uns alous fets pel Comte Guspert d'Empúries al cenobi de St. Quirze, any 931, la vall de Colera és anomenada "Valle de Collera".

El topònim Colera, prové, possiblement del llatí COLLIS, Coll, turó.
El dia 4 de febrer de 1769, Isidre Ferran Sangenís, pagès de Garriguella, i els seu dos germana Ramon i Josep Sangenis envià una sol·licitud al Rei Carles III per a la fundació de la nova vila de Colera de 50 cases amb els corresponent veïns, en terrenys de la seva propietats. El 4 de juliol de 1770, arriba l'autorització del Rei per a la constitució d'un nou poble que es dirà San Miguel de Colera.


Sembla ser que la nova vila anava acompanya d'un plànol de com havia de construir-se el poble: on es situaria l'església, l'ajuntament, els canons de defensa, ect., tot i que no s'ha pogut constatar mai amb un document real, però existeixen documents que sembla que seria així.
A petició d'uns veïns de Portbou i Molinars la Diputació de Girona en data 10 d'abril de 1885 va dictar una ordre on el municipi de St. Miquel de Colera passava a formar part del de Portbou, el dia 23 de maig de 1885, el veïns de Colera en desacord amb aquesta ordre van cremar els arxius de l'ajuntament i l'endemà 24 de maig en sessió plenària celebrada a l'ajuntament de Portbou es va fer efectiva la capitalitat del Portbou en front de Colera.

La Llei signada el dia 2 de juliol de 1934, pel President de la Generalitat de Catalunya Lluís Companys va autoritzar la segregació de Colera del terme municipal de Portbou.