El primer documento conocido donde aparece el toponimo “COLERA” es en el acta de consagración de la Iglesia de San Quirze en el año 935, “Vallen quam vocant Colera”. En las entregas de unos "alous" por parte del conde Guspert d’Empuries al cenobi de San Quirze, año 931, la valle de Colera fue nombrada como “VALLE DE COLLERA”.

El toponimo Colera proviene, possiblemente del latin COLLIS, collada, colina. El dia 4 de febrero de 1769, Isidre Ferran Sangenís, payés de Garriguella, y sus dos hermanos Ramón y Josep Sangenís enviaron una solicitud al Rei Carlos III para la fundación de la nueva aldea de Colera de 50 casas con sus correspondientes vecinos, en los terrenos de su propiedad. El 4 de Julio de 1770, llega la autorización del Rei para la constitución de un nuevo pueblo que se dirá San Miguel de Colera.


Parece ser que la nueva aldea iba acompañada de un plano de como debia de construirse el pueblo: donde se situaria la iglèsia, el ayuntamiento, los canones de defensa, etc..., aunque no se ha podido constatar nunca con un documento real, pero existen documentos que parece ser que fue así.

A petición de unos vecinos de Portbou i Molinars, la Diputación de Girona en fecha del 10 de abril de 1885 dictó una orden donde el municipio de San Miquel de Colera pasava a formar parte del municipio dfe Portbou, el dia 23 de mayo de 1885, los vecinos de Colera en desacuerdo con esta nueva orden quemaron los archivos del ayuntamiento i al dia siguiente 24 de mayo en sessión plenaria celebrada en el ayuntamiento de Portbou se hizo efectiva la capitalidad de Portbou.

La ley signada el 2 de julio de 1934, por el presidente de la Generalitat de Catalunya Lluis Companys autorizó la segregación de Colera del término municipal de Portbou